耐水腻子的优点有很多，但就其标准来讲，单单满足耐水型标准的腻子产品也是有一些缺点和不足的。

施工和打磨较费力。因为耐水腻子较结实，产品胶性大，搅拌和批刮时要比非耐水腻子困难。耐水腻子的强度也要比非耐水腻子高，打磨时也会比较费力。

产品上墙未干透前有碱性。耐水腻子要利用灰钙（主要成分有CaO，生石灰）遇水及二氧化碳的一系列复杂反应使自身的强度提高，这其中会产生有一定碱性的氢氧化钙，而且这种碱性一般要持续5-7天才会消失。这种碱性如果控制不好，会令施工者有灼烧得感觉，同时还可能使面层乳胶漆的色浆分解，导致颜色不均。